二级银行卡会影响学费的支付。二级卡的日转账限额为1万元，每年累计不超过20万元。如果学校的年学费超过1万元，学校的自动扣除功能将无效，导致扣除失败，只能去学校财务办公室使用新的银行卡支付学费。
二级银行卡基本功能：
1.二级卡可办理存款、购买银行投资理财产品、限额消费和支付、限额将资金业务和现金提取业务转入非绑定账户。银行工作人员现场面对面确认身份的，可以发放银行卡实体卡。银行可以向二级账户发放银行贷款资金，并通过二级账户还款。
2.二级卡额度消费、缴费、非绑定账户资金转账等资金日累计限额为1万元，年累计限额为20万元。贷款和贷款资金的归还、工资的支付和信用卡绑定账户系统的自动还款不受转账限额的限制。
高书华